水性油墨的连结料是树脂和水在表面活性剂的作用下，形成的油水混溶体系，该体系的稳定性较差。印刷时最好批量一次印完，否则会氧化光分解等影响水墨质量，使印品出现色差。不能一次用完的油墨，要注意避光密封保存，再次使用时，要注意过滤，以清除结皮等异物。
此外，水性油墨在使用时常常出现不易渗透，干燥速度慢，印刷时连续作业，印品重叠堆放时，箱面出现擦痕、叠印重影问题。要解决这类问题，油墨要用容易挥发的乙醇代替水进行稀释，以利于油墨的干燥，印刷压力适当减少，并适当减少印速，以不超过r/min为宜。对于飞墨、糊版等故障，可调整油墨的粘度和输墨量的大小。油墨粘度太大时，容易使油墨在滚动过程中出现拉丝过长的情况，而使墨滴颗粒飞溅，污染印品。可在油墨中加入去粘剂或高点油，以减小其粘性。油墨过稀，减小输墨量，要注意调墨时控制好干燥剂及防粘剂的用量。